Желудочно-кишечный тракт человека и животных в изобилии населен разнообразными микробами (бактериями). Всего в пищеварительных путях человека насчитывается более 300 разнообразных видов бактерий, а общая масса бактерий населяющих организм человека равняется 3-4 кг (!). Практически все микробы, населяющие кишечник, относятся к сапрофитам (то есть эти бактерии питаются за счет непереваренных остатков пищи в кишечнике).
Большая часть сапрофитов представлена, так называемыми, облигатными (то есть обязательным) микробами, которые и формируют нормальную микрофлору кишечника любого человека.
В более меньших количествах, чем облигатные микробы присутствуют факультативные (то есть необязательные) микробы, которые в определенных условиях могут вызвать различные заболевания.
Наименьшая по численности часть микрофлоры кишечника представлена транзиторной флорой (то есть приходящей, временной). Эти микробы обычно попадают в кишечник с различными продуктами питания, но не могут длительное время выживать в кишечнике и потому вскоре после попадания в организм разрушаются.

Термин нормальная микрофлора кишечника определяет совокупность популяций облигатных, факультативных и транзиторных микробов населяющих кишечник. При этом численное соотношение популяций различных микробов, в здоровом организме, сохраняется в виде динамического равновесия. Любое длительное изменение нормальной микрофлоры кишечника называется дисбактериозом.

Наибольшее количество микробов насчитывается в толстом кишечнике, ротовой полости и пищеводе. Желудок здорового человека практически стерилен, а в тонком кишечнике количество бактерий постепенно увеличивается по мере приближения места перехода тонкого кишечника в толстый.

Так зачем же нужны микробы в кишечнике? Сразу нужно отметить, что нормальная микрофлора кишечника играет исключительно важную роль в работе пищеварительного тракта и организма в целом. Ниже рассмотрим подробнее наиболее важные моменты, связанные с благоприятным влиянием нормальной микрофлоры кишечника на здоровье человека. Наиболее важную (как в численном, так и в качественном отношении) часть микрофлоры кишечника составляют облигатные микробы. Популяция облигатных микробов в свою очередь состоит из нескольких основных субпопуляций: бифидобактерии (85-98% всех микробов), лактобактерии (1% всех микробов) и непатогенные разновидности кишечной палочки E.coli (менее 0,01% от всего количества микробов кишечника). Как уже говорилось выше, все облигатные микробы кишечника относятся к сапрофитам, то есть к микробам, которые питаются не переваренными остатками пищи. В этом заключается основное отличие облигатных («полезных») микробов от патогенных (вызывающих болезни), которые питаются за счет разрушения тканей организма. В процессе жизнедеятельности облигатные микробы (бифидобактерии и непатогенные виды кишечной палочки) расщепляют остатки непереваренной пищи (например, сложные сахара), что способствует лучшей усвояемости пищи. Также эти бактерии синтезируют ряд витаминов и незаменимых аминокислот. Например, потребности организма в витамине К удовлетворяются практически полностью за счет синтеза последнего бифидобактериями толстого кишечника. Также микрофлора кишечника синтезирует витамин С, РР и некоторые витамины из группы В. Благодаря микрофлоре кишечника облегчается всасывание железа и кальция, а также витамина D. При дисбактериозе витаминный и минеральный обмен организма нарушаются.

Другой важной функцией микрофлоры кишечника является выработка лизоцима – фактора ингибирующего размножение патогенных бактерий. Вообще заселение кишечника облигатными бактериями создает неблагоприятные условия для размножения условно патогенных и патогенных микробов, поэтому попадая в кишечник здорового человека патогенные микробы скоро погибают вследствие конкуренции с более многочисленными облигатными бактериями.

Как известно, стенки кишечника богаты лимфоидной тканью, то есть скоплениями клеток иммунной системы. При контакте последних с бактериями, обитающими в кишечнике происходит стимуляция иммунной защиты организма. Вообще, состояние микрофлоры кишечника является определяющим фактором функционирования иммунной защиты организма. При дисбактериозе наблюдается не только избыточный рост патогенных микробов в кишечнике, но и общее снижение иммунной защиты организма. Нормальная микрофлора кишечника играет особенно важную роль в жизни организма новорожденный и детей.

Формирование нормальной микрофлоры кишечника у детей происходит лучше у детей вскармливаемых грудью, что объясняется присутствием в грудном молоке специфических «бифидум-факторов», способствующих росту бифидо и лактобактерий.